Parafię erygował Kard. Stefan Wyszyński 15 października 1978 roku z parafii MB Częstochowskiej w Wołominie i Świętej Trójcy w Kobyłce. Pierwsze starania o parafię we wsi, potem osiedlu, Sławek były jeszcze w 1956 roku, a miejsce było zarezerwowane w planach rozbudowy Wołomina z 1939 r. Na tym terenie istniał od lat 20. sierociniec Sióstr Albertynek, częściowo upaństwowiony w 1952 r. Kilka lat później, dzięki staraniom Ks. Mieczysława Grabowskiego, proboszcza parafii MB Częstochowskiej w Wołominie, udało się odzyskać część budynku i powiększyć drewnianą kaplicę. Kapelanem Sióstr był Ks. Józef Januszko. Gromadził okoliczną ludność się na dwóch niedzielnych Mszach Św. Podobnie czynili jego następcy, działający już przy filii parafii Wołomin: Ks. Czesław Przetacznik i Ks. Jan Raczkowski.

13 lutego 1972 roku duszpasterstwo w kaplicy powierzono Zgromadzeniu Księży Orionistów, pierwszym duszpasterzem był Ks. Mieczysław Jańczak FDP. W kwietniu 1973 r. przeprowadzono remont kaplicy, poświęcił ją Kard. Stefan Wyszyński 24 czerwca 1974 roku. Do pracy w duszpasterstwie dołączyły 23 października 1974 roku Siostry Pasterki. 3 maja 1977 roku formalnie powierzono placówkę Zgromadzeniu Księży Orionistów. W tym samym roku, po latach starań, parafia otrzymała pozwolenie na budowę kościoła. 21 września 1978 roku Kard. Stefan Wyszyński przeniósł Najświętszy Sakrament ze starej kaplicy do nowej i odprawił w niej pierwszą Mszę Św. (kaplica służy dziś parafii jako sala widowiskowa). W święto Patrona, 1 maja 1980 roku, Bp Bronisław Dąbrowski wmurował kamień węgielny pochodzący z grobu Św. Piotra, pobłogosławiony przez Jana Pawła II podczas audiencji 12 grudnia 1979 roku.

Do 1986 r. trwała budowa świątyni zaprojektowanej przez arch. Ryszarda Tomickiego, ogromną pomoc w budowie okazało Zgromadzenie Księży Orionistów i Ks. Cirillo Longo z Włoch. Od 30 listopada 1986 roku Msze Św. niedzielne odprawiają się w nowym kościele. Kard. Józef Glemp uroczyście konsekrował kościół 23 października 1991 roku. Szczególnym dniem był 15 października 1995 roku, kiedy Kard. Kazimierz Świątek poświęcił figurę Matki Bożej na zewnątrz kościoła i oddał całą parafię w Jej matczyną opiekę. Dwa miesiące potem, 19 grudnia, uroczyście przeniesiono figurę MB Fatimskiej z kaplicy Hospicjum do kościoła i zainaugurowano nabożeństwa fatimskie każdego 13 dnia miesiąca. Parafia od 1998 r. jest diecezjalnym centrum Legionu Maryi i miejscem spotkań ludzi pracy.