Parafię erygował Kard. Stefan Wyszyński 6 kwietnia 1980 roku z części parafii Świętej Trójcy w Kobyłce, Poświętne i MB Częstochowskiej w Wołominie.

Wieś Zagościniec powstała w 1878 r., jednym z jej właścicieli był Józef Łaszcz, który nabył 240 ha ( w tym 100 ha lasu). Pod koniec XIX w. wydzielono 95 działek po 0,6 ha i sprzedawano już z domami w stylu świdermajer urzędnikom rosyjskim, wojskowym, kupcom i przemysłowcom z Warszawy. Ze stacją kolejową w Wołominie łączył je tramwaj konny. Początki duszpasterstwa związane są z kaplicą w Zenonowie: w roku 1905 rosyjski pułkownik Krysztanowski postawił tu gipsową figurę Niepokalanej, w 1938 r. ze składek mieszkańców i letników postawiono kapliczkę 3 x 4 m, którą wierni wiosną 1969 r., wraz z Ks. Grzegorzem Kalwarczykiem ówczesnym wikariuszem parafii Świętej Trójcy w Kobyłce, w ciągu jednej nocy rozbudowali do 3 x 8 m. Jeszcze w 1941 r. pięciu gospodarzy z Duczek ofiarowało działki pod kościół o łącznej powierzchni 1,5 ha.

W 1957 r. były plany utworzenia parafii w Zagościńcu lecz Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Warszawie zablokowało je skutecznie. Od 1969 r. odprawiały się tu Msze Św. w niedziele i święta. W czerwcu 1973 roku władza metropolitalna mianowała Ks. Zygmunta Krysztopę wikariuszem parafii Świętej Trójcy w Kobyłce (z opieką nad kaplicą w Zenonowie) i zadaniem zorganizowania nowego ośrodka duszpasterskiego. Istniejącą już kaplicę nielegalnie powiększono w ciągu jednej nocy do 6 x 10 m, ale Urząd Bezpieczeństwa zapieczętował ją i postawił wartownika. Sprawa rozwiązała się pozytywnie po kilku dniach: władze cywilne zgodziły się na ukończenie budowy.

Kaplicę p.w. MB Wspomożycielki Wiernych poświęcił Bp Władysław Miziołek 25 maja 1975 roku. Pierwszy plac pod budowę kościoła w Duczkach (6.000 m) wraz ze zdewastowaną oficyną zakupił Ks. Krysztopa na swoje nazwisko 23 października 1974 roku (Kościół Katolicki do 1989 r. nie posiadał osobowości prawnej). Po remontach i rozbudowie odprawiono tu pierwszą Mszę Św. 9 września 1975 roku. 31 grudnia 1975 roku erygowano samodzielny ośrodek duszpasterski. Rok później, 10 grudnia 1976 roku, uzyskano pozwolenie na budowę kościoła i plebanii. Projekt przygotowali Maciej i Ewa Krasińscy z Warszawy, a konstrukcję opracowali Franciszek Romańczuk i Jan Płóciennik; budową kierował inż. Tadeusz Jarząbek z Warszawy.

Ks. Krysztopa dokupił jeszcze 2.300 m² placu i 24 września 1978 roku zaprosił Bp. Jerzego Modzelewskiego, aby go poświęcił. Prace ziemne rozpoczęły się latem 1979. 24 sierpnia 1980 roku Kard. Stefan Wyszyński poświęcił kamień węgielny pochodzący z Ziemi Świętej, a pięć lat później (9 września 1985 roku) Kard. Józef Glemp poświęcił nowo wybudowany kościół i sale katechetyczne. Nieco wcześniej, 29 czerwca 1985 roku, Bp Kazimierz Romaniuk poświęcił 4 nowe dzwony, które zawisły na frontonie kościoła; on konsekrował świątynię 9 czerwca 2002 roku.